О сюжете Deus Ex 3: Human Revolution: Игра является приквелом Deus Ex. Её действия будут развиваться в 2027 году (действия оригинальной игры развивались в 2052 году). Главного героя зовут Адам Йенсен, и он работает в службе безопасности корпорации Sarif Industries, которая производит имплантаты. На компанию совершается нападение, в ходе которого гибнет много тех, кого герой должен был защищать. Вероятная цель штурма — срыв исследования, которым в данный момент занимались ученые Sarif Industries. Чтобы узнать, кто стоит за нападением, Адам начинает собственное расследование. На календаре — 2027 год. До рождения ДжейСи Дентона, героя первой части, еще два года, до событий Deus Ex, соответственно, 25 лет. Известно, что события в игре приведут к созданию организации UNATCO.